Né en 1965, Raphaël Girardot est diplômé d'une licence de cinéma à Paris 8 après avoir étudié la philosophie deux ans durant. Les enseignements et les idées de Jean-Henri Roger, Renaud Victor, Serge Le Péron, Jean Narboni, Philippe Arnaud, Jean Paul Fargier ou Simon Luciani l'ont marqué et continuent de le suivre aujourd'hui dans ce qu'il essaye de transmettre. L'Université de Saint-Denis est aussi le lieu de la rencontre d'étudiants qui ont compté pour lui, comme Alain Raoust, Pauline Dairou, Antonie Bergmaier, Stephane Rizzi, Zaida Ghorab.

Après un passage aux Cahiers du Cinéma, Raphaël Girardot se lance dans une vie professionnelle entre l'assistanat en réalisation, en régie et surtout en montage d'un côté et le développement de projets personnels de fiction de l'autre qui aboutissent à trois courts métrages. En 1996, il est chef monteur (le plus souvent au son) quand il suit la formation à la réalisation des Ateliers Varan : Jean Lefaux, Patrick Genet, André Van In, Leonardo Di Costanzo sont ses formateurs et Marie Pierre Bretas, Laurent Salters, Olivier Pousset participent à la formation avec lui. Il co-réalise avec les deux premiers son premier long métrage et produit les films du troisième. Raphaël Girardot travaille ensuite avec Matthieu Delaborde à Iskra, Vincent Gaullier à Archimède et Mariana Otero au Créadoc. Jusqu'à aujourd'hui, Raphaël Girardot partage son temps entre montage de fictions et documentaires (principalement en montage son), enseignement en lycées et universités et réalisations de films. Son dernier film Saigneurs a été projeté au Cinéma du Réel, en 2017 et son dernier film Que m'est-il permis d'espérer - en transit coréalisé avec Vincent Gaullier a reçu le prix du documentaire 2021 au Festival du film social d'Aubervilliers.